El Codex Calixtinus (Santiago de Compostela, Archivo de la Catedral, s.n.) se custodia en la catedral de Santiago de Compostela, y es, con diferencia, el más importante y completo de todos los manuscritos. Algunos investigadores consideraron que era la versión original del Liber, a partir de la cuál se copiaron posteriormente, de forma más o menos parcial, el resto de los manuscritos. Sin embargo, hoy en día se piensa que existió un manuscrito, hoy perdido, anterior al Calixtinus o al menos, existían manuscritos de los libros que lo componen, ya que el análisis del códice muestra que fue copiado sabiendo de antemano la extensión exacta de cada una de sus partes. Se cree que el Calixtinus fue copiado en Santiago de Compostela, entre 1160 y 1170, como se ve, pocos años después de terminada la compilación del Liber.