Berceo fue el más importante representante del mester de clerecía. Depuró el idioma castellano creando la lengua literaria, para lo cual trasvasó numeroso vocabulario desde el latín (cultismos) y recurrió a fórmulas de la literatura oral tradicional y del mester de juglaría. En su trabajo como notario eclesiástico, y con la intención de paliar la decadencia del monasterio, llegó incluso a falsificar documentos para conseguir que los reacios campesinos pagaran sus contribuciones al mismo.
Su poesía trata siempre sobre tema religioso, y está constituida fundamentalmente por hagiografías, esto es, escrituras sobre materia sagrada y por extensión biografías de los santos, en especial aquellos a los que se rendía culto en los monasterios con los que estuvo vinculado: la Estoria de sennor San Millán, la Vida de Sancta Oria, virgen y La vida del glorioso confesor Santo Domingo de Silos, por ejemplo. Su obra maestra es, sin embargo, los Milagros de Nuestra Señora. Otras obras suyas son El duelo que fizo la Virgen María el día de la Pasión de su fijo Jesu Cristo, Del sacrificio de la Misa, De los signos que aparecerán ante del Juicio, el Martiryo de Sant Laurencio, los Loores de Nuestra Señora y tres Himnos, dedicados a Jesús, el Espíritu Santo y la Virgen.
No se muestra como un narrador original, ya que traduce ampliando obras escritas anteriormente en latín; su originalidad y carácter artístico debe apreciarse en el tratamiento de los temas, en el estilo, los detalles costumbristas y adaptaciones a la mentalidad medieval y campesina que añade a dichos relatos.
Su poesía es culta, aunque se reviste de una apariencia popular y utiliza elementos tradicionales; la estrofa que emplea para la versificación es la cuaderna vía o tetrástrofo monorrimo (cuatro versos alejandrinos o de catorce sílabas separados cada uno en dos mitades de siete sílabas por una cesura que coincide con final de palabra y grupo fónico, impidiendo toda sinalefa, y con una única rima consonante en todos sus versos).
Sus obras se pueden dividir en tres grupos:
1. Poemas sobre la Virgen María: Loores de Nuestra Señora, Duelo que fizo la Virgen y Milagros de Nuestra Señora.
2. Vidas de santos: Vida de San Millán, Vida de Santo Domingo de Silos, Poema de Santa Oria y Martirio de San Lorenzo.
3. Poemas doctrinales: De los signos que aparecen antes del Juicio Final y Del sacrificio de la misa.