El Monasterio de San Millán de la Cogolla está formado por la comunidad de monjes que continúan la tradición iniciada por el eremita Millán. Desde el siglo V hasta nuestros días se han dado distintos tipos de vida monástica: eremitas, cenobio, monasterio visigodo dúplice con regla hispánica, monasterio mozárabe, monasterio benedictino, y en actualidad convento de frailes de la Orden de Agustinos Recoletos.
Esta continuidad monástica ha sido la primera razón por la que se le concedió el título de Patrimonio de la humanidad en 1997. A esta razón se unen las culturales. San Millán ha sido considerado durante muchos años como «Cuna del Castellano», ya que en el Escritorio de San Millán se escribieron las Glosas Emilianenses, unos de los documentos más antiguos en los que aparecen textos romances que darían fe del origen del castellano, además de contener unos pequeños textos en vascuence. En el mismo monasterio firma sus versos Gonzalo de Berceo, el primer poeta castellano de nombre conocido.
Y al servicio de estos monjes distinguimos dos edificios. El más antiguo, en la parte alta de la montaña, llamado San Millán de Suso (en castellano antiguo, suso quiere decir arriba) y San Millán de Yuso (yuso quiere decir abajo).
Suso, el primero y primitivo que fue habitado por San Millán, se encuentra en medio de una exuberante vegetación, en la ladera de una colina muy desgastada que tiene como telón de fondo la Cogolla llamada así por el perfil que ostenta parecido a un monje llevando cuculla (capa que usaban varias órdenes religiosas, que cubrían a la vez cuerpo y cabeza). En el fondo de la montaña están los dos niveles de cuevas habitadas por Millán y sus discípulos. A su alrededor se construye el actual edificio donde encontramos testimonios de la época morázabe, arcos de herradura, o románica: cenotafio de san Millán.
El segundo, Yuso, construido posteriormente se sitúa más abajo y es de mayores dimensiones. Conocido como el Escorial de la Rioja ocupa el lugar de un antiguo edificio románico que se derrumba totalmente en 1504 para construir el actual. Destaca en él la iglesia, el claustro, la sacristía barroca y el conjunto de biblioteca y archivo. En la actualidad además de monasterio de frailes agustinos recoletos es la sede del CILENGUA, el Centro internacional de Investigación de la Lengua Castellana.
En la actualidad el edificio de arriba, Suso, es propiedad del Estado, y no vive nadie en él desde la Desamortización de Mendizábal. El edificio de abajo, Yuso, está habitado por una comunidad de frailes agustinos recoletos.